آزمایشگاه مرجع و تشخیص مولکولی انفلوانزا و ویروس های تنفسی شایع: این آزمایشگاه از سال 1388 به‌عنوان همکار آزمایشگاه مرجع سلامت، نمونه‌های ارسالی از مراکز بهداشت تعدادی از استان‌های کشور را دریافت و در کوتاهترین زمان ممکن وجود یا عدم وجود ویروس انفلوانزا را با تعیین نوع و زیرنوع ( A، B) با استفاده از روش Real-Time PCR ارزیابی می‌کند. گزارش نتایج آزمایش به‌صورت مستمر از طریق سامانه الکترونیکی نظام مراقبت بیماری انفلوانزا به مرکز مدیریت بیماری‌ها، آزمایشگاه مرجع سلامت و مرکز ملی انفلوانزا ارسال می‌شود.

این بخش قادر است در شرایط بحرانی با افزایش نیرو، ظرفیت تشخیص را تا 10 برابر افزایش دهد. در سال 1394 این آزمایشگاه با کسب استانداردهای لازم از آزمایشگاه مرجع سلامت، به آزمایشگاه مرجع کشوری انفلوانزا ارتقا یافت. علاوه بر بررسی سرواپیدمیولوژی و مولکولی ویروس انفلوانزا، در همین راستا سایر ویروسهای تنفسی نیز مورد بررسی قرار می گیرند.

·         ارزیابی، بررسی و تعیین هویت ویروس‌ها: کلیه ویروس‌های کشت داده‌ شده و یا جدا شده از نمونه‌های بیمار با استفاده از روش‌های رایج مورد بررسی قرار می‌گیرند و تعیین هویت می‌شوند.

·         ویروس‌شناسی مولکولی: بررسی و تشخیص مولکولی ویروس‌های تنفسی در نمونه‌های مشکوک به عفونت تنفسی ویروسی با استفاده از تکنیک‌های مولکولی و کلاسیک مربوطه صورت می‌گیرد.

·         تشخیص سرولوژیک ویروس‌ها: بررسی و تشخیص ویروس‌های تنفسی در نمونه‌های مشکوک به عفونت ویروسی دستگاه تنفسی با استفاده از روش‌های سرولوژیک مانند ELISA و SRID انجام می‌شود. همچنین در این قسمت آنتی‌بادی‌های ویژه ویروسی در سرم انسان و حیوان آزمایشگاهی با روش‌های سرولوژیک ELISA و SRID و  HI اندازه‌گیری می‌شود.

·         تعیین هتروژنیسیته ایزوله های ویروسی: تعیین توالی و رسم درخت فیلوژنی ویروس‌های ایزوله شده از نمونه‌های بیمار با استفاده از نرم‌افزارهای موجود در مقایسه با سویه‌های بانک ژن صورت می‌گیرد.

·         بررسی مولکولی مقاومت‌های داروئی: مقاومت داروئی ویروس‌های انفلوانزای جدا شده از نمونه‌های مشکوک به عفونت تنفسی ویروسی به روش مولکولی بررسی شده و تشخیص داده می‌شود.

·         بانک ویروس و ژن: کلیه ویروس‌های استاندارد و ایزوله های بیمار در شرایط مناسب نگهداری می‌شوند. ژن‌های ویروسی با روش PCR جداسازی و تکثیر شده و در ناقلین پروکاریوتی و یوکاریوتی (برحسب نیاز) جایسازی و نگهداری می‌شوند.

·         تکثیر ویروس در تخم‌مرغ جنین دار و سلول: سلول‌های مختلف بر اساس نیاز تحقیقاتی در این بخش تکثیر و رشد داده می‌شوند. تکثیر ویروس‌های مورد استفاده در مطالعات تحقیقاتی در سلول و تخم‌مرغ جنین دار صورت می‌گیرد.